寺庙不仅是重要的文化场景，也是玩家获取武功秘籍、触发奇遇任务的关键地点。净慈寺作为游戏初期接触的第一个寺庙，位于幽静的山谷中，周围环绕着郁郁葱葱的树木，整体设计古朴典雅。寺内僧人会提供基础任务指引，帮助玩家熟悉游戏机制，同时这里也隐藏着部分初级武学秘籍，适合新手探索。龙门寺则建在险峻的山崖上，以悬崖峭壁为特色，玩家需要通过复杂地形和解谜才能到达，这里是获取高级剑法龙门剑法的核心场所。
南少林作为武侠文化中的经典元素，在游戏中位于一片广阔的森林中，是少林武功的重要传承地。玩家可以在此与武僧切磋武艺，完成主线任务，同时学习少林派特有的拳法和内功。白云观则隐藏在深山之中，是一座充满神秘色彩的道教寺庙，内部设有大量机关和谜题，玩家需通过细致探索才能解锁道家武功和阵法知识。这两处寺庙的设计均融合了宗教文化与武侠特色，为玩家提供了沉浸式的体验。
藏经阁并非独立寺庙，而是分散在游戏各处的特殊地点，每个藏经阁都收藏着不同的武功秘籍或历史文献。玩家需要通过战斗或解谜击败守护者才能获取这些资源，其位置通常较为隐蔽，需要结合地图线索耐心寻找。玉虚宫作为高级场景，坐落于风景秀美的山间，聚集了大量武林高手，玩家可在此挑战高难度战斗，获取稀有武学秘籍。这两类地点对玩家的操作水平和策略思维要求较高。
药王谷是游戏中以医药为主题的特色区域，虽然并非传统寺庙，但其建筑风格与功能设计仍带有宗教色彩。玩家可在此采集稀有药材菩提参，学习疗伤技能或炼制特殊丹药。桃花谷则以风景奇遇著称，虽然名为谷，但其中分布着若干小型佛堂和道观，玩家在探索美景的同时可能触发隐藏任务。这些地点丰富了游戏的武侠世界观，将自然景观与人文建筑巧妙融合。
卧虎藏龙中的寺庙系统构建了一个层次分明的武侠修行体系，从基础教学到高阶挑战均有对应场景。玩家需根据自身等级和需求选择探索路线，同时注意观察环境细节以发现隐藏内容。不同寺庙的布局风格与功能定位各异，但都严格遵循中国传统宗教建筑的特点，为游戏增添了真实的历史文化底蕴。